You can not select more than 25 topics Topics must start with a letter or number, can include dashes ('-') and can be up to 35 characters long.

2023 lines
64 KiB

  1. {
  2. "jani-version":1,
  3. "features":[
  4. "derived-operators"
  5. ],
  6. "name":"Converted from PRISM by IscasMC",
  7. "type":"ctmc",
  8. "actions":[
  9. {
  10. "name":"transc_da"
  11. },
  12. {
  13. "name":"transc_da_a"
  14. },
  15. {
  16. "name":"bind_a"
  17. },
  18. {
  19. "name":"rel_a"
  20. },
  21. {
  22. "name":"transl_a"
  23. },
  24. {
  25. "name":"deg_ma"
  26. },
  27. {
  28. "name":"bind_r"
  29. },
  30. {
  31. "name":"rel_r"
  32. },
  33. {
  34. "name":"deg_a"
  35. },
  36. {
  37. "name":"deactive"
  38. },
  39. {
  40. "name":"transl_r"
  41. },
  42. {
  43. "name":"deg_r"
  44. },
  45. {
  46. "name":"deg_c"
  47. },
  48. {
  49. "name":"transc_dr"
  50. },
  51. {
  52. "name":"transc_dr_a"
  53. },
  54. {
  55. "name":"deg_mr"
  56. }
  57. ],
  58. "variables":[
  59. {
  60. "name":"da",
  61. "type":{
  62. "kind":"bounded",
  63. "base":"int",
  64. "lower-bound":0,
  65. "upper-bound":1
  66. }
  67. },
  68. {
  69. "name":"da_a",
  70. "type":{
  71. "kind":"bounded",
  72. "base":"int",
  73. "lower-bound":0,
  74. "upper-bound":1
  75. }
  76. },
  77. {
  78. "name":"maa",
  79. "type":{
  80. "kind":"bounded",
  81. "base":"int",
  82. "lower-bound":0,
  83. "upper-bound":1000000
  84. }
  85. },
  86. {
  87. "name":"a",
  88. "type":{
  89. "kind":"bounded",
  90. "base":"int",
  91. "lower-bound":0,
  92. "upper-bound":1000000
  93. }
  94. },
  95. {
  96. "name":"r",
  97. "type":{
  98. "kind":"bounded",
  99. "base":"int",
  100. "lower-bound":0,
  101. "upper-bound":1000000
  102. }
  103. },
  104. {
  105. "name":"c",
  106. "type":{
  107. "kind":"bounded",
  108. "base":"int",
  109. "lower-bound":0,
  110. "upper-bound":1000000
  111. }
  112. },
  113. {
  114. "name":"dr",
  115. "type":{
  116. "kind":"bounded",
  117. "base":"int",
  118. "lower-bound":0,
  119. "upper-bound":1
  120. }
  121. },
  122. {
  123. "name":"dr_a",
  124. "type":{
  125. "kind":"bounded",
  126. "base":"int",
  127. "lower-bound":0,
  128. "upper-bound":1
  129. }
  130. },
  131. {
  132. "name":"mr",
  133. "type":{
  134. "kind":"bounded",
  135. "base":"int",
  136. "lower-bound":0,
  137. "upper-bound":1000000
  138. }
  139. }
  140. ],
  141. "observables":[
  142. {
  143. "name":"\"activated_protein\""
  144. },
  145. {
  146. "name":"\"repressor_transcriptions\""
  147. }
  148. ],
  149. "initial-states":{
  150. "exp":{
  151. "op":"∧",
  152. "left":{
  153. "op":"∧",
  154. "left":{
  155. "op":"∧",
  156. "left":{
  157. "op":"∧",
  158. "left":{
  159. "op":"∧",
  160. "left":{
  161. "op":"∧",
  162. "left":{
  163. "op":"∧",
  164. "left":{
  165. "op":"∧",
  166. "left":{
  167. "op":"=",
  168. "left":"da",
  169. "right":1
  170. },
  171. "right":{
  172. "op":"=",
  173. "left":"da_a",
  174. "right":0
  175. }
  176. },
  177. "right":{
  178. "op":"=",
  179. "left":"maa",
  180. "right":0
  181. }
  182. },
  183. "right":{
  184. "op":"=",
  185. "left":"a",
  186. "right":0
  187. }
  188. },
  189. "right":{
  190. "op":"=",
  191. "left":"r",
  192. "right":0
  193. }
  194. },
  195. "right":{
  196. "op":"=",
  197. "left":"c",
  198. "right":0
  199. }
  200. },
  201. "right":{
  202. "op":"=",
  203. "left":"dr",
  204. "right":1
  205. }
  206. },
  207. "right":{
  208. "op":"=",
  209. "left":"dr_a",
  210. "right":0
  211. }
  212. },
  213. "right":{
  214. "op":"=",
  215. "left":"mr",
  216. "right":0
  217. }
  218. }
  219. },
  220. "automata":[
  221. {
  222. "name":"activator_gene",
  223. "locations":[
  224. {
  225. "name":"location",
  226. "observables":[
  227. {
  228. "ref":"\"activated_protein\"",
  229. "value":"a"
  230. }
  231. ]
  232. }
  233. ],
  234. "initial-locations":[
  235. "location"
  236. ],
  237. "edges":[
  238. {
  239. "location":"location",
  240. "action":"transc_da",
  241. "rate":{
  242. "exp":"da"
  243. },
  244. "guard":{
  245. "exp":{
  246. "op":"=",
  247. "left":"da",
  248. "right":1
  249. }
  250. },
  251. "destinations":[
  252. {
  253. "probability":{
  254. "exp":{
  255. "op":"/",
  256. "left":"da",
  257. "right":"da"
  258. }
  259. },
  260. "location":"location",
  261. "assignments":[
  262. ],
  263. "observables":[
  264. ]
  265. }
  266. ]
  267. },
  268. {
  269. "location":"location",
  270. "action":"transc_da_a",
  271. "rate":{
  272. "exp":"da_a"
  273. },
  274. "guard":{
  275. "exp":{
  276. "op":"=",
  277. "left":"da_a",
  278. "right":1
  279. }
  280. },
  281. "destinations":[
  282. {
  283. "probability":{
  284. "exp":{
  285. "op":"/",
  286. "left":"da_a",
  287. "right":"da_a"
  288. }
  289. },
  290. "location":"location",
  291. "assignments":[
  292. ],
  293. "observables":[
  294. ]
  295. }
  296. ]
  297. },
  298. {
  299. "location":"location",
  300. "action":"bind_a",
  301. "rate":{
  302. "exp":"da"
  303. },
  304. "guard":{
  305. "exp":{
  306. "op":"∧",
  307. "left":{
  308. "op":"=",
  309. "left":"da",
  310. "right":1
  311. },
  312. "right":{
  313. "op":"=",
  314. "left":"da_a",
  315. "right":0
  316. }
  317. }
  318. },
  319. "destinations":[
  320. {
  321. "probability":{
  322. "exp":{
  323. "op":"/",
  324. "left":"da",
  325. "right":"da"
  326. }
  327. },
  328. "location":"location",
  329. "assignments":[
  330. {
  331. "ref":"da",
  332. "value":0
  333. },
  334. {
  335. "ref":"da_a",
  336. "value":1
  337. }
  338. ],
  339. "observables":[
  340. ]
  341. }
  342. ]
  343. },
  344. {
  345. "location":"location",
  346. "action":"rel_a",
  347. "rate":{
  348. "exp":"da_a"
  349. },
  350. "guard":{
  351. "exp":{
  352. "op":"∧",
  353. "left":{
  354. "op":"=",
  355. "left":"da",
  356. "right":0
  357. },
  358. "right":{
  359. "op":"=",
  360. "left":"da_a",
  361. "right":1
  362. }
  363. }
  364. },
  365. "destinations":[
  366. {
  367. "probability":{
  368. "exp":{
  369. "op":"/",
  370. "left":"da_a",
  371. "right":"da_a"
  372. }
  373. },
  374. "location":"location",
  375. "assignments":[
  376. {
  377. "ref":"da",
  378. "value":1
  379. },
  380. {
  381. "ref":"da_a",
  382. "value":0
  383. }
  384. ],
  385. "observables":[
  386. ]
  387. }
  388. ]
  389. }
  390. ]
  391. },
  392. {
  393. "name":"activator_mRNA",
  394. "locations":[
  395. {
  396. "name":"location"
  397. }
  398. ],
  399. "initial-locations":[
  400. "location"
  401. ],
  402. "edges":[
  403. {
  404. "location":"location",
  405. "action":"transc_da",
  406. "rate":{
  407. "exp":1
  408. },
  409. "guard":{
  410. "exp":{
  411. "op":"<",
  412. "left":"maa",
  413. "right":1000000
  414. }
  415. },
  416. "destinations":[
  417. {
  418. "probability":{
  419. "exp":{
  420. "op":"/",
  421. "left":1,
  422. "right":1
  423. }
  424. },
  425. "location":"location",
  426. "assignments":[
  427. {
  428. "ref":"maa",
  429. "value":{
  430. "op":"+",
  431. "left":"maa",
  432. "right":1
  433. }
  434. }
  435. ]
  436. }
  437. ]
  438. },
  439. {
  440. "location":"location",
  441. "action":"transc_da_a",
  442. "rate":{
  443. "exp":1
  444. },
  445. "guard":{
  446. "exp":{
  447. "op":"<",
  448. "left":"maa",
  449. "right":1000000
  450. }
  451. },
  452. "destinations":[
  453. {
  454. "probability":{
  455. "exp":{
  456. "op":"/",
  457. "left":1,
  458. "right":1
  459. }
  460. },
  461. "location":"location",
  462. "assignments":[
  463. {
  464. "ref":"maa",
  465. "value":{
  466. "op":"+",
  467. "left":"maa",
  468. "right":1
  469. }
  470. }
  471. ]
  472. }
  473. ]
  474. },
  475. {
  476. "location":"location",
  477. "action":"transl_a",
  478. "rate":{
  479. "exp":"maa"
  480. },
  481. "guard":{
  482. "exp":{
  483. "op":">",
  484. "left":"maa",
  485. "right":0
  486. }
  487. },
  488. "destinations":[
  489. {
  490. "probability":{
  491. "exp":{
  492. "op":"/",
  493. "left":"maa",
  494. "right":"maa"
  495. }
  496. },
  497. "location":"location",
  498. "assignments":[
  499. ],
  500. "observables":[
  501. ]
  502. }
  503. ]
  504. },
  505. {
  506. "location":"location",
  507. "action":"deg_ma",
  508. "rate":{
  509. "exp":"maa"
  510. },
  511. "guard":{
  512. "exp":{
  513. "op":">",
  514. "left":"maa",
  515. "right":0
  516. }
  517. },
  518. "destinations":[
  519. {
  520. "probability":{
  521. "exp":{
  522. "op":"/",
  523. "left":"maa",
  524. "right":"maa"
  525. }
  526. },
  527. "location":"location",
  528. "assignments":[
  529. {
  530. "ref":"maa",
  531. "value":{
  532. "op":"-",
  533. "left":"maa",
  534. "right":1
  535. }
  536. }
  537. ],
  538. "observables":[
  539. ]
  540. }
  541. ]
  542. }
  543. ]
  544. },
  545. {
  546. "name":"activator_protein",
  547. "locations":[
  548. {
  549. "name":"location"
  550. }
  551. ],
  552. "initial-locations":[
  553. "location"
  554. ],
  555. "edges":[
  556. {
  557. "location":"location",
  558. "action":"transl_a",
  559. "rate":{
  560. "exp":1
  561. },
  562. "guard":{
  563. "exp":{
  564. "op":"<",
  565. "left":"a",
  566. "right":1000000
  567. }
  568. },
  569. "destinations":[
  570. {
  571. "probability":{
  572. "exp":{
  573. "op":"/",
  574. "left":1,
  575. "right":1
  576. }
  577. },
  578. "location":"location",
  579. "assignments":[
  580. {
  581. "ref":"a",
  582. "value":{
  583. "op":"+",
  584. "left":"a",
  585. "right":1
  586. }
  587. }
  588. ]
  589. }
  590. ]
  591. },
  592. {
  593. "location":"location",
  594. "action":"bind_a",
  595. "rate":{
  596. "exp":"a"
  597. },
  598. "guard":{
  599. "exp":{
  600. "op":">",
  601. "left":"a",
  602. "right":0
  603. }
  604. },
  605. "destinations":[
  606. {
  607. "probability":{
  608. "exp":{
  609. "op":"/",
  610. "left":"a",
  611. "right":"a"
  612. }
  613. },
  614. "location":"location",
  615. "assignments":[
  616. {
  617. "ref":"a",
  618. "value":{
  619. "op":"-",
  620. "left":"a",
  621. "right":1
  622. }
  623. }
  624. ]
  625. }
  626. ]
  627. },
  628. {
  629. "location":"location",
  630. "action":"bind_r",
  631. "rate":{
  632. "exp":"a"
  633. },
  634. "guard":{
  635. "exp":{
  636. "op":">",
  637. "left":"a",
  638. "right":0
  639. }
  640. },
  641. "destinations":[
  642. {
  643. "probability":{
  644. "exp":{
  645. "op":"/",
  646. "left":"a",
  647. "right":"a"
  648. }
  649. },
  650. "location":"location",
  651. "assignments":[
  652. {
  653. "ref":"a",
  654. "value":{
  655. "op":"-",
  656. "left":"a",
  657. "right":1
  658. }
  659. }
  660. ],
  661. "observables":[
  662. ]
  663. }
  664. ]
  665. },
  666. {
  667. "location":"location",
  668. "action":"rel_a",
  669. "rate":{
  670. "exp":1
  671. },
  672. "guard":{
  673. "exp":{
  674. "op":"<",
  675. "left":"a",
  676. "right":1000000
  677. }
  678. },
  679. "destinations":[
  680. {
  681. "probability":{
  682. "exp":{
  683. "op":"/",
  684. "left":1,
  685. "right":1
  686. }
  687. },
  688. "location":"location",
  689. "assignments":[
  690. {
  691. "ref":"a",
  692. "value":{
  693. "op":"+",
  694. "left":"a",
  695. "right":1
  696. }
  697. }
  698. ]
  699. }
  700. ]
  701. },
  702. {
  703. "location":"location",
  704. "action":"rel_r",
  705. "rate":{
  706. "exp":1
  707. },
  708. "guard":{
  709. "exp":{
  710. "op":"<",
  711. "left":"a",
  712. "right":1000000
  713. }
  714. },
  715. "destinations":[
  716. {
  717. "probability":{
  718. "exp":{
  719. "op":"/",
  720. "left":1,
  721. "right":1
  722. }
  723. },
  724. "location":"location",
  725. "assignments":[
  726. {
  727. "ref":"a",
  728. "value":{
  729. "op":"+",
  730. "left":"a",
  731. "right":1
  732. }
  733. }
  734. ],
  735. "observables":[
  736. ]
  737. }
  738. ]
  739. },
  740. {
  741. "location":"location",
  742. "action":"deg_a",
  743. "rate":{
  744. "exp":"a"
  745. },
  746. "guard":{
  747. "exp":{
  748. "op":">",
  749. "left":"a",
  750. "right":0
  751. }
  752. },
  753. "destinations":[
  754. {
  755. "probability":{
  756. "exp":{
  757. "op":"/",
  758. "left":"a",
  759. "right":"a"
  760. }
  761. },
  762. "location":"location",
  763. "assignments":[
  764. {
  765. "ref":"a",
  766. "value":{
  767. "op":"-",
  768. "left":"a",
  769. "right":1
  770. }
  771. }
  772. ],
  773. "observables":[
  774. ]
  775. }
  776. ]
  777. },
  778. {
  779. "location":"location",
  780. "action":"deactive",
  781. "rate":{
  782. "exp":"a"
  783. },
  784. "guard":{
  785. "exp":{
  786. "op":">",
  787. "left":"a",
  788. "right":0
  789. }
  790. },
  791. "destinations":[
  792. {
  793. "probability":{
  794. "exp":{
  795. "op":"/",
  796. "left":"a",
  797. "right":"a"
  798. }
  799. },
  800. "location":"location",
  801. "assignments":[
  802. {
  803. "ref":"a",
  804. "value":{
  805. "op":"-",
  806. "left":"a",
  807. "right":1
  808. }
  809. }
  810. ],
  811. "observables":[
  812. ]
  813. }
  814. ]
  815. }
  816. ]
  817. },
  818. {
  819. "name":"repressor_protein",
  820. "locations":[
  821. {
  822. "name":"location"
  823. }
  824. ],
  825. "initial-locations":[
  826. "location"
  827. ],
  828. "edges":[
  829. {
  830. "location":"location",
  831. "action":"transl_r",
  832. "rate":{
  833. "exp":1
  834. },
  835. "guard":{
  836. "exp":{
  837. "op":"<",
  838. "left":"r",
  839. "right":1000000
  840. }
  841. },
  842. "destinations":[
  843. {
  844. "probability":{
  845. "exp":{
  846. "op":"/",
  847. "left":1,
  848. "right":1
  849. }
  850. },
  851. "location":"location",
  852. "assignments":[
  853. {
  854. "ref":"r",
  855. "value":{
  856. "op":"+",
  857. "left":"r",
  858. "right":1
  859. }
  860. }
  861. ],
  862. "observables":[
  863. ]
  864. }
  865. ]
  866. },
  867. {
  868. "location":"location",
  869. "action":"deg_r",
  870. "rate":{
  871. "exp":"r"
  872. },
  873. "guard":{
  874. "exp":{
  875. "op":">",
  876. "left":"r",
  877. "right":0
  878. }
  879. },
  880. "destinations":[
  881. {
  882. "probability":{
  883. "exp":{
  884. "op":"/",
  885. "left":"r",
  886. "right":"r"
  887. }
  888. },
  889. "location":"location",
  890. "assignments":[
  891. {
  892. "ref":"r",
  893. "value":{
  894. "op":"-",
  895. "left":"r",
  896. "right":1
  897. }
  898. }
  899. ],
  900. "observables":[
  901. ]
  902. }
  903. ]
  904. },
  905. {
  906. "location":"location",
  907. "action":"deactive",
  908. "rate":{
  909. "exp":"r"
  910. },
  911. "guard":{
  912. "exp":{
  913. "op":">",
  914. "left":"r",
  915. "right":0
  916. }
  917. },
  918. "destinations":[
  919. {
  920. "probability":{
  921. "exp":{
  922. "op":"/",
  923. "left":"r",
  924. "right":"r"
  925. }
  926. },
  927. "location":"location",
  928. "assignments":[
  929. {
  930. "ref":"r",
  931. "value":{
  932. "op":"-",
  933. "left":"r",
  934. "right":1
  935. }
  936. }
  937. ]
  938. }
  939. ]
  940. },
  941. {
  942. "location":"location",
  943. "action":"deg_c",
  944. "rate":{
  945. "exp":1
  946. },
  947. "guard":{
  948. "exp":{
  949. "op":"<",
  950. "left":"r",
  951. "right":1000000
  952. }
  953. },
  954. "destinations":[
  955. {
  956. "probability":{
  957. "exp":{
  958. "op":"/",
  959. "left":1,
  960. "right":1
  961. }
  962. },
  963. "location":"location",
  964. "assignments":[
  965. {
  966. "ref":"r",
  967. "value":{
  968. "op":"+",
  969. "left":"r",
  970. "right":1
  971. }
  972. }
  973. ],
  974. "observables":[
  975. ]
  976. }
  977. ]
  978. }
  979. ]
  980. },
  981. {
  982. "name":"inactive_protein",
  983. "locations":[
  984. {
  985. "name":"location"
  986. }
  987. ],
  988. "initial-locations":[
  989. "location"
  990. ],
  991. "edges":[
  992. {
  993. "location":"location",
  994. "action":"deactive",
  995. "rate":{
  996. "exp":1
  997. },
  998. "guard":{
  999. "exp":{
  1000. "op":"<",
  1001. "left":"c",
  1002. "right":1000000
  1003. }
  1004. },
  1005. "destinations":[
  1006. {
  1007. "probability":{
  1008. "exp":{
  1009. "op":"/",
  1010. "left":1,
  1011. "right":1
  1012. }
  1013. },
  1014. "location":"location",
  1015. "assignments":[
  1016. {
  1017. "ref":"c",
  1018. "value":{
  1019. "op":"+",
  1020. "left":"c",
  1021. "right":1
  1022. }
  1023. }
  1024. ]
  1025. }
  1026. ]
  1027. },
  1028. {
  1029. "location":"location",
  1030. "action":"deg_c",
  1031. "rate":{
  1032. "exp":"c"
  1033. },
  1034. "guard":{
  1035. "exp":{
  1036. "op":">",
  1037. "left":"c",
  1038. "right":0
  1039. }
  1040. },
  1041. "destinations":[
  1042. {
  1043. "probability":{
  1044. "exp":{
  1045. "op":"/",
  1046. "left":"c",
  1047. "right":"c"
  1048. }
  1049. },
  1050. "location":"location",
  1051. "assignments":[
  1052. {
  1053. "ref":"c",
  1054. "value":{
  1055. "op":"-",
  1056. "left":"c",
  1057. "right":1
  1058. }
  1059. }
  1060. ]
  1061. }
  1062. ]
  1063. }
  1064. ]
  1065. },
  1066. {
  1067. "name":"rates",
  1068. "locations":[
  1069. {
  1070. "name":"location"
  1071. }
  1072. ],
  1073. "initial-locations":[
  1074. "location"
  1075. ],
  1076. "edges":[
  1077. {
  1078. "location":"location",
  1079. "action":"transc_da",
  1080. "rate":{
  1081. "exp":50
  1082. },
  1083. "guard":{
  1084. "exp":true
  1085. },
  1086. "destinations":[
  1087. {
  1088. "probability":{
  1089. "exp":{
  1090. "op":"/",
  1091. "left":50,
  1092. "right":50
  1093. }
  1094. },
  1095. "location":"location",
  1096. "assignments":[
  1097. ]
  1098. }
  1099. ]
  1100. },
  1101. {
  1102. "location":"location",
  1103. "action":"transc_da_a",
  1104. "rate":{
  1105. "exp":500
  1106. },
  1107. "guard":{
  1108. "exp":true
  1109. },
  1110. "destinations":[
  1111. {
  1112. "probability":{
  1113. "exp":{
  1114. "op":"/",
  1115. "left":500,
  1116. "right":500
  1117. }
  1118. },
  1119. "location":"location",
  1120. "assignments":[
  1121. ]
  1122. }
  1123. ]
  1124. },
  1125. {
  1126. "location":"location",
  1127. "action":"transc_dr",
  1128. "rate":{
  1129. "exp":0.0100000
  1130. },
  1131. "guard":{
  1132. "exp":true
  1133. },
  1134. "destinations":[
  1135. {
  1136. "probability":{
  1137. "exp":{
  1138. "op":"/",
  1139. "left":0.0100000,
  1140. "right":0.0100000
  1141. }
  1142. },
  1143. "location":"location",
  1144. "assignments":[
  1145. ],
  1146. "observables":[
  1147. {
  1148. "ref":"\"repressor_transcriptions\"",
  1149. "value":1
  1150. }
  1151. ]
  1152. }
  1153. ]
  1154. },
  1155. {
  1156. "location":"location",
  1157. "action":"transc_dr_a",
  1158. "rate":{
  1159. "exp":50
  1160. },
  1161. "guard":{
  1162. "exp":true
  1163. },
  1164. "destinations":[
  1165. {
  1166. "probability":{
  1167. "exp":{
  1168. "op":"/",
  1169. "left":50,
  1170. "right":50
  1171. }
  1172. },
  1173. "location":"location",
  1174. "assignments":[
  1175. ],
  1176. "observables":[
  1177. {
  1178. "ref":"\"repressor_transcriptions\"",
  1179. "value":1
  1180. }
  1181. ]
  1182. }
  1183. ]
  1184. },
  1185. {
  1186. "location":"location",
  1187. "action":"transl_a",
  1188. "rate":{
  1189. "exp":50
  1190. },
  1191. "guard":{
  1192. "exp":true
  1193. },
  1194. "destinations":[
  1195. {
  1196. "probability":{
  1197. "exp":{
  1198. "op":"/",
  1199. "left":50,
  1200. "right":50
  1201. }
  1202. },
  1203. "location":"location",
  1204. "assignments":[
  1205. ]
  1206. }
  1207. ]
  1208. },
  1209. {
  1210. "location":"location",
  1211. "action":"transl_r",
  1212. "rate":{
  1213. "exp":5
  1214. },
  1215. "guard":{
  1216. "exp":true
  1217. },
  1218. "destinations":[
  1219. {
  1220. "probability":{
  1221. "exp":{
  1222. "op":"/",
  1223. "left":5,
  1224. "right":5
  1225. }
  1226. },
  1227. "location":"location",
  1228. "assignments":[
  1229. ]
  1230. }
  1231. ]
  1232. },
  1233. {
  1234. "location":"location",
  1235. "action":"bind_a",
  1236. "rate":{
  1237. "exp":1
  1238. },
  1239. "guard":{
  1240. "exp":true
  1241. },
  1242. "destinations":[
  1243. {
  1244. "probability":{
  1245. "exp":{
  1246. "op":"/",
  1247. "left":1,
  1248. "right":1
  1249. }
  1250. },
  1251. "location":"location",
  1252. "assignments":[
  1253. ]
  1254. }
  1255. ]
  1256. },
  1257. {
  1258. "location":"location",
  1259. "action":"bind_r",
  1260. "rate":{
  1261. "exp":1
  1262. },
  1263. "guard":{
  1264. "exp":true
  1265. },
  1266. "destinations":[
  1267. {
  1268. "probability":{
  1269. "exp":{
  1270. "op":"/",
  1271. "left":1,
  1272. "right":1
  1273. }
  1274. },
  1275. "location":"location",
  1276. "assignments":[
  1277. ]
  1278. }
  1279. ]
  1280. },
  1281. {
  1282. "location":"location",
  1283. "action":"deactive",
  1284. "rate":{
  1285. "exp":2
  1286. },
  1287. "guard":{
  1288. "exp":true
  1289. },
  1290. "destinations":[
  1291. {
  1292. "probability":{
  1293. "exp":{
  1294. "op":"/",
  1295. "left":2,
  1296. "right":2
  1297. }
  1298. },
  1299. "location":"location",
  1300. "assignments":[
  1301. ]
  1302. }
  1303. ]
  1304. },
  1305. {
  1306. "location":"location",
  1307. "action":"rel_a",
  1308. "rate":{
  1309. "exp":50
  1310. },
  1311. "guard":{
  1312. "exp":true
  1313. },
  1314. "destinations":[
  1315. {
  1316. "probability":{
  1317. "exp":{
  1318. "op":"/",
  1319. "left":50,
  1320. "right":50
  1321. }
  1322. },
  1323. "location":"location",
  1324. "assignments":[
  1325. ]
  1326. }
  1327. ]
  1328. },
  1329. {
  1330. "location":"location",
  1331. "action":"rel_r",
  1332. "rate":{
  1333. "exp":100
  1334. },
  1335. "guard":{
  1336. "exp":true
  1337. },
  1338. "destinations":[
  1339. {
  1340. "probability":{
  1341. "exp":{
  1342. "op":"/",
  1343. "left":100,
  1344. "right":100
  1345. }
  1346. },
  1347. "location":"location",
  1348. "assignments":[
  1349. ]
  1350. }
  1351. ]
  1352. },
  1353. {
  1354. "location":"location",
  1355. "action":"deg_a",
  1356. "rate":{
  1357. "exp":1
  1358. },
  1359. "guard":{
  1360. "exp":true
  1361. },
  1362. "destinations":[
  1363. {
  1364. "probability":{
  1365. "exp":{
  1366. "op":"/",
  1367. "left":1,
  1368. "right":1
  1369. }
  1370. },
  1371. "location":"location",
  1372. "assignments":[
  1373. ]
  1374. }
  1375. ]
  1376. },
  1377. {
  1378. "location":"location",
  1379. "action":"deg_c",
  1380. "rate":{
  1381. "exp":1
  1382. },
  1383. "guard":{
  1384. "exp":true
  1385. },
  1386. "destinations":[
  1387. {
  1388. "probability":{
  1389. "exp":{
  1390. "op":"/",
  1391. "left":1,
  1392. "right":1
  1393. }
  1394. },
  1395. "location":"location",
  1396. "assignments":[
  1397. ]
  1398. }
  1399. ]
  1400. },
  1401. {
  1402. "location":"location",
  1403. "action":"deg_r",
  1404. "rate":{
  1405. "exp":0.2000000
  1406. },
  1407. "guard":{
  1408. "exp":true
  1409. },
  1410. "destinations":[
  1411. {
  1412. "probability":{
  1413. "exp":{
  1414. "op":"/",
  1415. "left":0.2000000,
  1416. "right":0.2000000
  1417. }
  1418. },
  1419. "location":"location",
  1420. "assignments":[
  1421. ]
  1422. }
  1423. ]
  1424. },
  1425. {
  1426. "location":"location",
  1427. "action":"deg_ma",
  1428. "rate":{
  1429. "exp":10
  1430. },
  1431. "guard":{
  1432. "exp":true
  1433. },
  1434. "destinations":[
  1435. {
  1436. "probability":{
  1437. "exp":{
  1438. "op":"/",
  1439. "left":10,
  1440. "right":10
  1441. }
  1442. },
  1443. "location":"location",
  1444. "assignments":[
  1445. ]
  1446. }
  1447. ]
  1448. },
  1449. {
  1450. "location":"location",
  1451. "action":"deg_mr",
  1452. "rate":{
  1453. "exp":0.5000000
  1454. },
  1455. "guard":{
  1456. "exp":true
  1457. },
  1458. "destinations":[
  1459. {
  1460. "probability":{
  1461. "exp":{
  1462. "op":"/",
  1463. "left":0.5000000,
  1464. "right":0.5000000
  1465. }
  1466. },
  1467. "location":"location",
  1468. "assignments":[
  1469. ],
  1470. "observables":[
  1471. ]
  1472. }
  1473. ]
  1474. }
  1475. ]
  1476. },
  1477. {
  1478. "name":"repressor_gene",
  1479. "locations":[
  1480. {
  1481. "name":"location"
  1482. }
  1483. ],
  1484. "initial-locations":[
  1485. "location"
  1486. ],
  1487. "edges":[
  1488. {
  1489. "location":"location",
  1490. "action":"transc_dr",
  1491. "rate":{
  1492. "exp":"dr"
  1493. },
  1494. "guard":{
  1495. "exp":{
  1496. "op":"=",
  1497. "left":"dr",
  1498. "right":1
  1499. }
  1500. },
  1501. "destinations":[
  1502. {
  1503. "probability":{
  1504. "exp":{
  1505. "op":"/",
  1506. "left":"dr",
  1507. "right":"dr"
  1508. }
  1509. },
  1510. "location":"location",
  1511. "assignments":[
  1512. ]
  1513. }
  1514. ]
  1515. },
  1516. {
  1517. "location":"location",
  1518. "action":"transc_dr_a",
  1519. "rate":{
  1520. "exp":"dr_a"
  1521. },
  1522. "guard":{
  1523. "exp":{
  1524. "op":"=",
  1525. "left":"dr_a",
  1526. "right":1
  1527. }
  1528. },
  1529. "destinations":[
  1530. {
  1531. "probability":{
  1532. "exp":{
  1533. "op":"/",
  1534. "left":"dr_a",
  1535. "right":"dr_a"
  1536. }
  1537. },
  1538. "location":"location",
  1539. "assignments":[
  1540. ]
  1541. }
  1542. ]
  1543. },
  1544. {
  1545. "location":"location",
  1546. "action":"bind_r",
  1547. "rate":{
  1548. "exp":"dr"
  1549. },
  1550. "guard":{
  1551. "exp":{
  1552. "op":"∧",
  1553. "left":{
  1554. "op":"=",
  1555. "left":"dr",
  1556. "right":1
  1557. },
  1558. "right":{
  1559. "op":"=",
  1560. "left":"dr_a",
  1561. "right":0
  1562. }
  1563. }
  1564. },
  1565. "destinations":[
  1566. {
  1567. "probability":{
  1568. "exp":{
  1569. "op":"/",
  1570. "left":"dr",
  1571. "right":"dr"
  1572. }
  1573. },
  1574. "location":"location",
  1575. "assignments":[
  1576. {
  1577. "ref":"dr",
  1578. "value":0
  1579. },
  1580. {
  1581. "ref":"dr_a",
  1582. "value":1
  1583. }
  1584. ]
  1585. }
  1586. ]
  1587. },
  1588. {
  1589. "location":"location",
  1590. "action":"rel_r",
  1591. "rate":{
  1592. "exp":"dr_a"
  1593. },
  1594. "guard":{
  1595. "exp":{
  1596. "op":"∧",
  1597. "left":{
  1598. "op":"=",
  1599. "left":"dr",
  1600. "right":0
  1601. },
  1602. "right":{
  1603. "op":"=",
  1604. "left":"dr_a",
  1605. "right":1
  1606. }
  1607. }
  1608. },
  1609. "destinations":[
  1610. {
  1611. "probability":{
  1612. "exp":{
  1613. "op":"/",
  1614. "left":"dr_a",
  1615. "right":"dr_a"
  1616. }
  1617. },
  1618. "location":"location",
  1619. "assignments":[
  1620. {
  1621. "ref":"dr",
  1622. "value":1
  1623. },
  1624. {
  1625. "ref":"dr_a",
  1626. "value":0
  1627. }
  1628. ]
  1629. }
  1630. ]
  1631. }
  1632. ]
  1633. },
  1634. {
  1635. "name":"repressor_mRNA",
  1636. "locations":[
  1637. {
  1638. "name":"location"
  1639. }
  1640. ],
  1641. "initial-locations":[
  1642. "location"
  1643. ],
  1644. "edges":[
  1645. {
  1646. "location":"location",
  1647. "action":"transc_dr",
  1648. "rate":{
  1649. "exp":1
  1650. },
  1651. "guard":{
  1652. "exp":{
  1653. "op":"<",
  1654. "left":"mr",
  1655. "right":1000000
  1656. }
  1657. },
  1658. "destinations":[
  1659. {
  1660. "probability":{
  1661. "exp":{
  1662. "op":"/",
  1663. "left":1,
  1664. "right":1
  1665. }
  1666. },
  1667. "location":"location",
  1668. "assignments":[
  1669. {
  1670. "ref":"mr",
  1671. "value":{
  1672. "op":"+",
  1673. "left":"mr",
  1674. "right":1
  1675. }
  1676. }
  1677. ]
  1678. }
  1679. ]
  1680. },
  1681. {
  1682. "location":"location",
  1683. "action":"transc_dr_a",
  1684. "rate":{
  1685. "exp":1
  1686. },
  1687. "guard":{
  1688. "exp":{
  1689. "op":"<",
  1690. "left":"mr",
  1691. "right":1000000
  1692. }
  1693. },
  1694. "destinations":[
  1695. {
  1696. "probability":{
  1697. "exp":{
  1698. "op":"/",
  1699. "left":1,
  1700. "right":1
  1701. }
  1702. },
  1703. "location":"location",
  1704. "assignments":[
  1705. {
  1706. "ref":"mr",
  1707. "value":{
  1708. "op":"+",
  1709. "left":"mr",
  1710. "right":1
  1711. }
  1712. }
  1713. ]
  1714. }
  1715. ]
  1716. },
  1717. {
  1718. "location":"location",
  1719. "action":"transl_r",
  1720. "rate":{
  1721. "exp":"mr"
  1722. },
  1723. "guard":{
  1724. "exp":{
  1725. "op":">",
  1726. "left":"mr",
  1727. "right":0
  1728. }
  1729. },
  1730. "destinations":[
  1731. {
  1732. "probability":{
  1733. "exp":{
  1734. "op":"/",
  1735. "left":"mr",
  1736. "right":"mr"
  1737. }
  1738. },
  1739. "location":"location",
  1740. "assignments":[
  1741. ]
  1742. }
  1743. ]
  1744. },
  1745. {
  1746. "location":"location",
  1747. "action":"deg_mr",
  1748. "rate":{
  1749. "exp":"mr"
  1750. },
  1751. "guard":{
  1752. "exp":{
  1753. "op":">",
  1754. "left":"mr",
  1755. "right":0
  1756. }
  1757. },
  1758. "destinations":[
  1759. {
  1760. "probability":{
  1761. "exp":{
  1762. "op":"/",
  1763. "left":"mr",
  1764. "right":"mr"
  1765. }
  1766. },
  1767. "location":"location",
  1768. "assignments":[
  1769. {
  1770. "ref":"mr",
  1771. "value":{
  1772. "op":"-",
  1773. "left":"mr",
  1774. "right":1
  1775. }
  1776. }
  1777. ]
  1778. }
  1779. ]
  1780. }
  1781. ]
  1782. }
  1783. ],
  1784. "system":{
  1785. "elements":[
  1786. {
  1787. "automaton":"activator_gene"
  1788. },
  1789. {
  1790. "automaton":"activator_mRNA"
  1791. },
  1792. {
  1793. "automaton":"activator_protein"
  1794. },
  1795. {
  1796. "automaton":"repressor_protein"
  1797. },
  1798. {
  1799. "automaton":"inactive_protein"
  1800. },
  1801. {
  1802. "automaton":"rates"
  1803. },
  1804. {
  1805. "automaton":"repressor_gene"
  1806. },
  1807. {
  1808. "automaton":"repressor_mRNA"
  1809. }
  1810. ],
  1811. "syncs":[
  1812. {
  1813. "synchronise":[
  1814. null,
  1815. null,
  1816. null,
  1817. null,
  1818. null,
  1819. "transc_dr",
  1820. "transc_dr",
  1821. "transc_dr"
  1822. ],
  1823. "result":"transc_dr"
  1824. },
  1825. {
  1826. "synchronise":[
  1827. null,
  1828. null,
  1829. null,
  1830. null,
  1831. null,
  1832. "transc_dr_a",
  1833. "transc_dr_a",
  1834. "transc_dr_a"
  1835. ],
  1836. "result":"transc_dr_a"
  1837. },
  1838. {
  1839. "synchronise":[
  1840. null,
  1841. null,
  1842. null,
  1843. "transl_r",
  1844. null,
  1845. "transl_r",
  1846. null,
  1847. "transl_r"
  1848. ],
  1849. "result":"transl_r"
  1850. },
  1851. {
  1852. "synchronise":[
  1853. null,
  1854. null,
  1855. null,
  1856. null,
  1857. null,
  1858. "deg_mr",
  1859. null,
  1860. "deg_mr"
  1861. ],
  1862. "result":"deg_mr"
  1863. },
  1864. {
  1865. "synchronise":[
  1866. null,
  1867. null,
  1868. "bind_r",
  1869. null,
  1870. null,
  1871. "bind_r",
  1872. "bind_r",
  1873. null
  1874. ],
  1875. "result":"bind_r"
  1876. },
  1877. {
  1878. "synchronise":[
  1879. null,
  1880. null,
  1881. "rel_r",
  1882. null,
  1883. null,
  1884. "rel_r",
  1885. "rel_r",
  1886. null
  1887. ],
  1888. "result":"rel_r"
  1889. },
  1890. {
  1891. "synchronise":[
  1892. null,
  1893. null,
  1894. "deactive",
  1895. "deactive",
  1896. "deactive",
  1897. "deactive",
  1898. null,
  1899. null
  1900. ],
  1901. "result":"deactive"
  1902. },
  1903. {
  1904. "synchronise":[
  1905. null,
  1906. null,
  1907. null,
  1908. "deg_c",
  1909. "deg_c",
  1910. "deg_c",
  1911. null,
  1912. null
  1913. ],
  1914. "result":"deg_c"
  1915. },
  1916. {
  1917. "synchronise":[
  1918. "bind_a",
  1919. null,
  1920. "bind_a",
  1921. null,
  1922. null,
  1923. "bind_a",
  1924. null,
  1925. null
  1926. ],
  1927. "result":"bind_a"
  1928. },
  1929. {
  1930. "synchronise":[
  1931. "rel_a",
  1932. null,
  1933. "rel_a",
  1934. null,
  1935. null,
  1936. "rel_a",
  1937. null,
  1938. null
  1939. ],
  1940. "result":"rel_a"
  1941. },
  1942. {
  1943. "synchronise":[
  1944. null,
  1945. "transl_a",
  1946. "transl_a",
  1947. null,
  1948. null,
  1949. "transl_a",
  1950. null,
  1951. null
  1952. ],
  1953. "result":"transl_a"
  1954. },
  1955. {
  1956. "synchronise":[
  1957. "transc_da",
  1958. "transc_da",
  1959. null,
  1960. null,
  1961. null,
  1962. "transc_da",
  1963. null,
  1964. null
  1965. ],
  1966. "result":"transc_da"
  1967. },
  1968. {
  1969. "synchronise":[
  1970. "transc_da_a",
  1971. "transc_da_a",
  1972. null,
  1973. null,
  1974. null,
  1975. "transc_da_a",
  1976. null,
  1977. null
  1978. ],
  1979. "result":"transc_da_a"
  1980. },
  1981. {
  1982. "synchronise":[
  1983. null,
  1984. "deg_ma",
  1985. null,
  1986. null,
  1987. null,
  1988. "deg_ma",
  1989. null,
  1990. null
  1991. ],
  1992. "result":"deg_ma"
  1993. },
  1994. {
  1995. "synchronise":[
  1996. null,
  1997. null,
  1998. "deg_a",
  1999. null,
  2000. null,
  2001. "deg_a",
  2002. null,
  2003. null
  2004. ],
  2005. "result":"deg_a"
  2006. },
  2007. {
  2008. "synchronise":[
  2009. null,
  2010. null,
  2011. null,
  2012. "deg_r",
  2013. null,
  2014. "deg_r",
  2015. null,
  2016. null
  2017. ],
  2018. "result":"deg_r"
  2019. }
  2020. ]
  2021. }
  2022. }